Llegó a México esta imagen, gracias a los franciscanos que evangelizaron lo que entonces se llamaba Nueva Galicia. La imagen Milagrosa de la Virgen de San Juan está hecha de caña de maíz trabajada por manos artesanas de indios Tarascos de Michoacán realizada en el siglo XVI, tiene 47 centímetros de altura y representa a María en el Misterio de su Concepción Inmaculada.

 

En 1623 ocurrió un milagro que sacó del olvido a la imagen: En un acto peligroso que una familia de titiriteros realizaba en mitad de la plaza de San Juan de los Lagos, la hija joven murió al caer sobre filosas espadas. La consternación de los padres fue enorme y la población también sintió mucha lástima por ellos. Una india que tenía honda devoción a la imagen de la Virgen que se hallaba en la sacristía de la capilla del hospital, llevó la estatuailla hasta los brazos de la muerta. Al cabo de unos momentos, en que todos suplicaban el favor de la Santísima Virgen, la joven volvió a la vida.

 

Para conmemorar tal suceso, la familia de titiriteros quiso reparar la imagen que se encontraba muy deteriorada. La llevaron a la ciudad de Guadalajara y allí un joven misterioso se les presentó y restauró la imagen y desapareció en seguida.

 

Con tales sucesos, la devoción popular se incrementó. Se edificaron varias capillas con su nombre; pero pronto fueron insuficientes para recibir la corriente de peregrinos que acudía a honrar a la Madre de Dios. Treinta y siete años se tardó en construir el actual santuario. En 1769 se bendijo y destinó al culto. Tiene dos torres de 65 metros.